​     ​​​​จักรพรรดิแมกซีมีเลียนทรงมีพระยศเดิมเป็นอาร์ชดุ๊กและเป็นสมาชิกของราชวงศ์ฮับส์บูร์ก (Habsburg)*

แห่งออสเตรีย แต่ได้รับอัญเชิญให้เสด็จไปเป็นจักรพรรดิแห่งจักรวรรดิเม็กซิโกที่สถาปนาขึ้นใน ค.ศ. ๑๘๖๔ จักรวรรดิเม็กซิโกเกิดขึ้นจากความร่วมมือระหว่างจักรพรรดินโปเลียนที่ ๓ (Napoleon III ค.ศ. ๑๘๕๒-๑๘๗๐)* แห่งจักรวรรดิฝรั่งเศสที่ ๒ (Second French Empire)* ที่ต้องการแผ่อำนาจของฝรั่งเศสไปยังทวีปอเมริกากับพวกอนุรักษนิยมของเม็กซิโก การแทรกแซงเม็กซิโกด้วยกองกำลังทหารของฝรั่งเศสที่ หนุนหลังจักรพรรดิแมกซีมีเลียนทำให้สหรัฐอเมริกาไม่พอใจจนต้องถอนทัพออกไป ส่วนจักรพรรดิแมกซีมีเลียนทรงครองราชบัลลังก์ได้เพียง ๓ ปีก็ถูกพวกสาธารณรัฐนิยมโค่นล้มอำนาจและนำไปสำเร็จโทษใน ค.ศ. ๑๘๖๗
     จักรพรรดิแมกซีมีเลียนเป็นพระโอรสองค์ที่ ๒ และเป็นลำดับที่ ๒ ในบรรดาพระโอรสและพระธิดา ๕ พระองค์ในอาร์ชดุ๊กฟรานซิส ชาลส์ (Francis Charles) และเจ้าหญิงโซเฟีย (Sophia) พระราชธิดาในพระเจ้าแมกซีมีเลียนที่ ๑ โจเซฟ (Maximilian I Joseph) แห่งราชอาณาจักรบาวาเรีย และเป็นพระอนุชาองค์รองในจักรพรรดิฟรานซิส โจเซฟ (Francis Joseph ค.ศ.๑๘๔๘-๑๙๑๖)* ประสูติเมื่อวันที่ ๖ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๘๓๒ ณ พระราชวังเชินบรุนน์ (Schonbrunn Palace) กรุงเวียนนา ทรงมีพระยศและพระนามเดิมว่า เฟอร์ดินานด์ แมกซีมีเลียน โจเซฟ อาร์ชดุ๊กแห่งออสเตรียและเจ้าชายแห่งฮังการีและโบฮีเมีย (Ferdinand Maximillian Joseph, Archduke of Austria, Prince of Hungary and Bohemia) แต่โดยทั่วไปมักออกพระนามกันว่า อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียน
     ในเยาว์วัย อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนทรงได้รับการถวายอภิบาลในฐานะพระราชวงศ์ชั้นสูงของจักรวรรดิออสเตรีย (Austrian Empire)* ที่อยู่ในลำดับต้น ๆ ของการสืบราชสันตติวงศ์ ทั้งนี้เพราะจักรพรรดิเฟอร์ดินานด์ที่ ๑ (Ferdinand I ค.ศ. ๑๘๓๕-๑๘๔๘) พระราชปิตุลาทรงมีพระสติบกพร่องและไร้พระราชโอรสที่จะสืบราชสมบัติ อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนทรงเป็นเด็กที่เฉลียวฉลาดเคร่งศาสนาตามพระมารดา และสนพระทัยในงานด้าน ศิลปะและวิทยาศาสตร์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งวิชาพฤกษศาสตร์ อย่างไรก็ดี ด้วยพระภาระหน้าที่ในอนาคตพระองค์พร้อมด้วยพระเชษฐาจึงได้รับการฝึกฝนวิชา ทหารอย่างเคร่งครัดเพื่อเตรียมเป็นผู้นำของกองทัพออสเตรีย โดยอาร์ชดุ๊กฟรานซิส โจเซฟทรงได้รับการศึกษาในวิชาทหารบก ส่วนพระองค์ในวิชาทหารเรือ
     ใน ค.ศ. ๑๘๔๖ ขณะมีพระชนมายุ ๑๔ พรรษา อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนทรงเริ่มต้นชีวิตทหารเรือและเข้าประจำการในกองทัพเรือ เมื่อเกิดการปฏิวัติ ค.ศ. ๑๘๔๘ (Revolutions of 1848)* ซึ่งจักรพรรดิเฟอร์ดินานด์ที่ ๑ ทรงสละราชสมบัติจากเหตุการณ์การปราบปรามฝ่ายกบฏอย่างนองเลือดในกรุงเวียนนา และพระเชษฐาได้รับอัญเชิญให้เป็นประมุข พระองค์จึงทรงอยู่ในฐานะสมมติรัชทายาท (presumtive heir) แห่งออสเตรีย และทรงดำรงพระอิสริยยศดังกล่าวเป็นเวลา ๑๐ ปีจนกระทั่งจักรพรรดิฟรานซิส โจเซฟทรงอภิเษกสมรสและให้กำเนิดพระราชโอรสใน ค.ศ. ๑๘๕๘ ขณะทรงเป็นสมมติรัชทายาทใน ค.ศ. ๑๘๕๔ ทรงได้รับพระราชทานยศพลเรือตรีและตำแหน่งผู้บัญชาการเรือ พระองค์ทรงมีบทบาทสำคัญในการวางแผนและจัดการสร้างท่าเรือสำหรับกองทัพเรือออสเตรียที่มณฑลตรีเอสเต (Trieste) ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของคาบสมุทรอิตาลี ซึ่งดำรงความสำคัญต่อออสเตรียจนสิ้นสงครามโลกครั้งที่ ๑ (First World War)* ก่อนที่จะตกเป็นของอิตาลี
     ในวันที่ ๒๗ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๘๕๗ ณ กรุงบรัสเซลส์ (Brussels) ราชอาณาจักรเบลเยียม อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนทรงเข้าพิธีอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงชาร์ลอตต (Charlotte) พระราชธิดาในพระเจ้าเลโอโปลด์ที่ ๑ (Leopold I ค.ศ. ๑๘๓๑-๑๘๖๕)* ปฐมกษัตริย์ของเบลเยียม และยังทรงเป็นพระราชนัดดา (หลานตา) ในพระเจ้าหลุยส์ ฟิลิป (Louis Philippe ค.ศ. ๑๘๒๕-๑๘๔๘)* ของฝรั่งเศส แม้การอภิเษกสมรสนี้จะเกิดขึ้นเพราะความเหมาะสมตามฐานานุรูปของคู่อภิเษกสมรส แต่ในเวลาต่อมาอาร์ชดุ๊กแมกซิมีเลียนและเจ้าหญิงชาร์ลอตต์ก็ทรงมีความรักใคร่ต่อกันและทรงได้รับยกย่องว่าเป็น "คู่ทุกข์คู่ยาก" อย่างแท้จริง อย่างไรก็ดี ทั้งสองพระองค์ก็มิได้มีพระโอรสและพระธิดาร่วมกัน
     หลังการอภิเษกสมรส อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนพร้อมพระชายาเสด็จไปรับตำแหน่งอุปราช (viceroy) แห่งแคว้นลอมบาร์ดี (Lombardy) และวินีเชีย (Venetia) ในดินแดนอิตาลีเหนือซึ่งอยู่ในปกครองของราชวงศ์ฮับส์บูร์ก การดำรงตำแหน่งดังกล่าวเป็นไปตามข้อเรียกร้องของพระเจ้าเลโอโปลด์ที่ ๑ ต่อจักรพรรดิฟรานซิสโจเซฟก่อนการอภิเษกสมรสที่ทรงต้องการให้พระชามาดาในอนาคตและพระราชธิดามีตำแหน่งหน้าที่สมกับพระเกียรติยศ ดังนั้น ระหว่าง ค.ศ. ๑๘๕๗-๑๘๕๙ อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนจึงทรงประกอบพระภารกิจดังกล่าวและประทับ ณ เมืองมิลาน ในระยะแรกพระองค์และพระชายาทรงได้รับการต้อนรับเป็นอย่างดีจากชาวอิตาลีประชาชนมักคอยเฝ้าและถวายพระพรแด่ทั้งสองพระองค์ในขณะที่รถม้าพระที่นั่งแล่นผ่านไปตามถนนสายต่าง ๆ ทั้งนี้เพราะอาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนและเจ้าหญิงชาร์ลอตตทรงเป็นคู่อภิเษกสมรสที่ดึงดูดความสนใจจากประชาชนในยุโรปอย่างมากในขณะนั้น ทั้งสองพระองค์ทรงเยาว์วัย (อาร์ชดุ๊กมีพระชนมายุ ๒๕ พรรษาส่วนเจ้าหญิงชาร์ลอตต์ ๑๘ พรรษา) มีพระบุคลิกภาพสง่างามและเป็นพระราชวงศ์ชั้นสูงที่ มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับราชวงศ์สำคัญของยุโรป เจ้าหญิงชาร์ลอตต์ทรงประทับใจอย่างมากในการต้อนรับของชาวอิตาลีจนถึงประกาศเปลี่ยนพระนามเป็น "การ์ลอตตา" (Carlotta) ซึ่งเป็นชื่ออิตาลี
     อย่างไรก็ดี การที่ขบวนการรวมชาติอิตาลีหรือ "รีซอร์จีเมนโต" (Risorgimento) ขยายตัวมากขึ้นทำให้ทั้งสองพระองค์ตกเป็นเป้าโจมตีของพวกชาตินิยมอิตาลีและเป็น "สัญลักษณ์ที่มองเห็นได้" (visible symbols) ของ "ระบบทรราชย์ออสเตรีย" (Austrian tyranny) ในคาบสมุทรอิตาลี แม้อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนจะทรงพยายามดำเนินนโยบายผ่อนปรนในการปกครอง แต่ก็ไม่ประสบความสำเร็จในการยับยั้งการขยายตัวของ อุดมการณ์ชาตินิยมและเสรีนิยมได้ รวมทั้งความรู้สึกต่อต้านออสเตรียของชาวอิตาลี แม้แต่พวกขุนนางอิตาลีในเวลาต่อมาก็มักปฏิเสธที่จะเข้าเฝ้าพระองค์และพระชายาที่พระตำหนัก
     ในปลาย ค.ศ. ๑๘๕๘ เมื่อสถานการณ์การเมืองในอิตาลีตึงเครียดมากขึ้น เมื่อราชอาณาจักรปีดมอนต์-ซาร์ดิเนีย (Kingdom of Piedmont-Sardinia)* ดำเนินนโยบายการใช้สงครามเพื่อโหมกระแสชาตินิยมและการรวมชาติอิตาลี อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนจึงทรงส่งเจ้าหญิงการ์ลอตตาไปประทับกับพระเจ้าเลโอโปลด์ที่ ๑ พระราชบิดา ณ เบลเยียม ส่วนพระองค์ต้องประทับอย่างเดียวดายดังที่มีพระอักษรถึงพระราชมารดาว่าทรง อยู่อย่าง "ฤๅษีในวังที่ใหญ่โต" ต่อมาใน ค.ศ. ๑๘๕๙ หลังจากชาวอิตาลีชาตินิยมลุกฮือขึ้นต่อต้านออสเตรียและกองทัพออสเตรียพ่ายแพ้อย่างยับเยินแก่กองทัพของราชอาณาจักรปีดมอนต์-ซาร์ดิเนียที่มีฝรั่งเศสเป็นพันธมิตร อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนทรงลี้ภัยออกจากอิตาลีและไปประทับกับพระชายาในเบลเยียม ความปราชัยในสงครามทำให้ออสเตรียสูญเสียดินแดนต่าง ๆ รวมทั้งลอมบาร์ดี (ยกเว้นวินีเชีย) ให้แก่ราชอาณาจักรปีดมอนต์-ซาร์ดิเนีย อันเป็นจุดเริ่มต้นของความล้มเหลวของราชวงศ์ฮับส์บูร์กในการรักษาดินแดนอิตาลีขณะเดียวกันก็เป็นการเริ่มต้นของการรวมชาติอิตาลีที่ราชอาณาจักรปีดมอนต์-ซาร์ดิเนียเป็นผู้นำและสามารถสถาปนาดินแดนในคาบสมุทรอิตาลีเป็น "ราชอาณาจักรอิตาลี" ได้สำเร็จใน ค.ศ. ๑๘๖๑
     หลังจากสงครามสิ้นสุดลง อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนทรงสูญเสียตำแหน่งอุปราชแห่งลอมบาร์ดีและวินีเชียและหมดบทบาทผู้นำหรือประมุขรัฐ ดังนั้น พระองค์พร้อมเจ้าหญิงการ์ลอตตาจึงเสด็จไปประทับ ณ พระตำหนักมิรามาร์ (Miramar) ซึ่งตั้งอยู่ริมทะเลเอเดรียติก (Adriatic) ห่างจากท่าเรือตรีเอสเตไปเพียงเล็กน้อย และออกแบบตกแต่งทั้งภายในและภายนอกให้มีบรรยากาศธรรมชาติของท้องทะเลและชีวิตนายทหารเรือที่อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนทรงชื่นชอบ ทั้งพระองค์ก็ทรงตั้งพระทัยจะไม่เข้าไปยุ่งเกี่ยวกับการเมืองในอิตาลีอีก
     ขณะที่อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนและเจ้าหญิงการ์ลอตตาทรงประทับอย่างสำราญ ณ พระตำหนักมิรามาร์ดังกล่าว ประเทศเม็กซิโกซึ่งตั้งอยู่ในทวีปอเมริกาเหนือของอีกฟากหนึ่งของมหาสมุทรแอตแลนติกก็กำลังประสบปัญหาทางการเมืองและสังคมอย่างรุนแรงสงครามการปฏิรูป (War of the Reform ค.ศ. ๑๘๕๘-๑๘๖๑) ระหว่างฝ่ายเสรีนิยมกับฝ่ายอนุรักษนิยมได้บั่นทอนเสถียรภาพและเศรษฐกิจของประเทศเป็นอันมาก ดังนั้น หลังจากกองทัพซึ่งสนับสนุนการปฏิรูปของพวกเสรีนิยมได้รับชัยชนะและเบนีโต คัวเรซ (Benito Juarez) ได้เข้าดำรงตำแหน่งประธานาธิบดี รัฐบาลใหม่ของเม็กซิโกก็พยายามหาวิธีการต่าง ๆ เพื่อฟื้นฟูบูรณะประเทศอีกครั้ง ที่สำคัญคือการออกกฤษฎีกาเพื่อพักชำระหนี้สาธารณะในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. ๑๘๖๑ อย่างไรก็ดี แผนการการบูรณะฟื้นฟูประเทศดังกล่าวทำให้รัฐบาลสเปน ฝรั่งเศส และอังกฤษซึ่งเป็นเจ้าหนี้รายใหญ่ไม่พอใจ กอปรกับได้รับการยุยงจากพวกอนุรักษนิยมของเม็กซิโกที่เสียผลประโยชน์ จึงพากันเคลื่อนไหวและร่วมกันทำสนธิสัญญาแห่งลอนดอน (Treaty of London) ขึ้นในเดือนตุลาคม ค.ศ. ๑๘๖๑ เพื่อให้รัฐบาลเม็กซิโกยินยอมปฏิบัติตามพันธะสัญญา ทางการเงิน นอกจากนี้ รัฐบาลของทั้ง ๓ ประเทศยังส่งกำลังทหารไปยังเม็กซิโกเพื่อบีบบังคับให้รัฐบาลของ ประธานาธิบดีคัวเรซยินยอมชำระหนี้อีกด้วย
     ในบรรดาประเทศเจ้าหนี้ดังกล่าว ฝรั่งเศสเป็นประเทศที่มีเหตุผลแอบแฝงในการส่งกำลังทหารไปเม็กซิโก ทั้งนี้เพราะจักรพรรดินโปเลียนที่ ๓ ทรงมีแผนการที่จะฉวยโอกาสขยายอำนาจและอิทธิพลของฝรั่งเศสไปยังสหรัฐอเมริกาซึ่งกำลังตกอยู่ในภาวะสงครามกลางเมืองอเมริกัน (American Civil War ค.ศ. ๑๘๖๑-๑๘๖๕) ระหว่างรัฐทางตอนเหนือหรือกลุ่มสหพันธรัฐ (Federation) กับรัฐทางตอนใต้หรือกลุ่มสมาพันธรัฐ (Confederation) โดยฝรั่งเศสสนับสนุนกลุ่มสมาพันธรัฐและต้องการใช้เม็กซิโกเป็นฐานกำลังและฐานปฏิบัติการของกองทัพฝรั่งเศส ดังนั้น เมื่อกองกำลังของสเปน ฝรั่งเศส และอังกฤษเดินทางขึ้นฝั่งที่ เมืองเวรากรูซ (Veracruz) ระหว่างเดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๘๖๑ ถึงเดือนมกราคม ค.ศ. ๑๘๖๒ และรัฐบาลเม็กซิโกได้ส่งผู้แทนไปเจรจาประนีประนอมด้วย กองกำลังฝรั่งเศสจึงปฏิเสธที่จะถอนตัวออกจากเม็กซิโกในขณะที่สเปนและอังกฤษยินยอมปฏิบัติตาม ในทางตรงกันข้ามกองทัพฝรั่งเศสได้เดินทัพเพื่อบุกกรุงเม็กซิโกซิตี (Mexico City) เมืองหลวงของเม็กซิโก แต่ระหว่างทางได้ถูกกองทัพเม็กซิโกโจมตีและพ่ายแพ้ที่เมืองปวยบลา (Puebla) เมื่อวันที่ ๕ พฤษภาคม ค.ศ. ๑๘๖๒ อย่างไรก็ดี หลังจากมีการส่งกำลังทหารมาเสริม กองทัพฝรั่งเศสก็สามารถยึดกรุงเม็กซิโกซิตีได้ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๘๖๓ และประธานาธิบดีคัวเรซต้องลี้ภัยไปยังเมืองปาโซเดลนอร์เต [Paso del Norte ปัจจุบันคือเมืองซิวดัดคัวเรซ (Ciudad Juárez)] ทางตอนเหนือของประเทศ
     หลังจากยึดอำนาจได้แล้ว จักรพรรดินโปเลียนที่ ๓ ได้ร่วมมือกับสมาชิกพรรคอนุรักษนิยมที่ประกอบด้วยผู้มีฐานะมั่งคั่งจัดตั้งสภาโนตาเบลส (Junta de Notables) ขึ้น นอกจากนี้ สภายังได้ลงมติให้อัญเชิญอาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนในฐานะทรงเป็นสมาชิกของราชวงศ์ฮับส์บูร์กที่บรรพกษัตริย์เคยดำรงตำแหน่งประมุขสูงสุดของดินแดนเม็กซิโกนับแต่รัชสมัยจักรพรรดิชาลส์ที่ ๕ (Charles V ค.ศ. ๑๕๑๖-๑๕๕๖) แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ (Holy Roman Empire)* และยังเป็นประมุขของออสเตรียและสเปน ให้เสด็จมาครองราชสมบัติจักรวรรดิเม็กซิโกที่จะจัดตั้งขึ้นใหม่ "การเลือก" อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนก็เป็นไปตามคำแนะนำของจักรพรรดินโปเลียนที่ ๓ ทั้งนี้ เพราะหลังจากที่จักรพรรดิ นโปเลียนที่ ๓ อดีตประธานาธิบดีแห่งฝรั่งเศสได้รับสถาปนาเป็นจักรพรรดิใน ค.ศ. ๑๘๕๒ ก็ทรงมีนโยบายที่จะฟื้นฟูและเผยแพร่พระเกียรติยศของราชวงศ์โบนาปาร์ต และทำให้พระองค์มีชื่อเสียงเช่นเดียวกับจักรพรรดินโปเลียนที่ ๑ พระราชปิตุลา (ลุง) แต่การให้ความร่วมมือของฝรั่งเศสกับปีดมอนต์-ซาร์ดิเนียทำสงครามกับออสเตรียใน ค.ศ. ๑๘๕๙ ที่นำการสิ้นสุดของอำนาจการปกครองของอาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนในลอมบาร์ดีนับเป็นการดำเนินนโยบายทางการทูตอย่างผิดพลาดมหันต์ นอกจากจะทำให้สัมพันธภาพระหว่างฝรั่งเศสกับออสเตรียร้าวฉาน ยังทำให้อิตาลีสามารถรวมชาติได้เกือบหมด (ยกเว้นกรุงโรมและวินีเชียที่ยังตกอยู่ใต้การปกครองของออสเตรียต่อไป) ซึ่งไม่เป็นที่ปรารถนา ของพระองค์ เพราะจะทำให้อิตาลีสามารถก้าวขึ้นเป็นประเทศมหาอำนาจได้ แม้ว่าฝรั่งเศสจะถอนตัวก่อนสงครามสิ้นสุดลง ซึ่งสร้างความโกรธแค้นเป็นอันมากให้แก่ปีดมอนต์-ซาร์ดิเนียและชาวอิตาลีชาตินิยม แต่เมื่อสิ้นสุดลง ก็ก่อให้เกิดความไม่พอใจแก่ประชาชนชาวฝรั่งเศสที่เห็นสันตะปาปาประมุขของคริสตจักรโรมันคาทอลิกต้องสูญเสียรัฐสันตะปาปา (Papal States) ไปให้กับการรวมชาติอิตาลี นอกจากนี้ การที่ฝรั่งเศสได้รับซาวอย (Savoy) และนีซ (Nice) เป็นเครื่องตอบแทนจากการเข้าร่วมในสงครามก็ทำให้ความสัมพันธ์อันดีกับอังกฤษต้องเสื่อมโทรมลงไปด้วย ดังนั้น การยึดครองเม็กซิโกจึงเป็นการเปิดโอกาสให้พระองค์สามารถแก้ภาพลักษณ์ที่อ่อนแอทางการเมืองและการทูตได้ทั้งภายในและภายนอกประเทศ ทั้งยังจะช่วยกอบกู้พระเกียรติยศด้วย ส่วนการอัญเชิญอาร์ชดุ๊กแมกซีเลียนเป็นจักรพรรดิแห่งเม็กซิโกก็จะเป็นการฟื้นฟูความสัมพันธ์กับราชวงศ์ฮับส์บูร์กแห่งออกเตรียทั้งอาร์ชดุ๊กแมกซี-มีเลียนเองก็ทรงมีชื่อเสียงว่าเป็นพวกเสรีนิยมและนักปกครองที่มีประสิทธิภาพ ซึ่งมีความเหมาะสมกับสถานการณ์ในเม็กซิโกเป็นอย่างยิ่ง
     ดังนั้นในเดือนตุลาคม ค.ศ. ๑๘๖๓ คณะผู้แทนของเม็กซิโกได้เดินทางไปเฝ้าอาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียน ณ พระตำหนักมิรามาร์เพื่อถวายราชบัลลังก์เม็กซิโกแด่พระองค์ โดยอาชีเยอ บาแซน (Achille Bazaine) ผู้บัญชาการกองทัพฝรั่งเศสในเม็กซิโกได้จัดการลง ประชามติในเขตที่ฝรั่งเศสมีอำนาจควบคุมและประชากรสนับสนุนการสถาปนาจักรวรรดิเม็กซิโกเพื่อให้ภาพลวงตาว่าเป็นความปรารถนาของชาวเม็กซิกันทั้งประเทศ นอกจากนี้ ฝรั่งเศสยังสัญญาที่จะคงกองทัพอยู่ในเม็กซิโกต่อไปเพื่อช่วยฟื้นฟูบูรณะประเทศด้วย ในสภาวการณ์ดังกล่าวกอปรกับความปรารถนาอย่างจริงใจที่จะสร้าง "จักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์" ขึ้นมาใหม่ในโลกใหม่ (New World) นี้ จึงทำให้อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนทรงรับข้อเสนอ พร้อมกับขอพระราชทานพระบรมราชานุญาตจากจักรพรรดิฟรานซิส โจเซฟ ประมุขของราชวงศ์ฮับสบูร์ก อย่างไรก็ดี แม้จักรพรรดิฟรานซิสโจเซฟจะพระราชทานพระวินิจฉัยว่าไม่ทรงเห็นด้วยกับการเข้าไปแทรกแซงกิจการภายในของเม็กซิโกของอาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียน แต่พระองค์ก็ไม่อาจขัดขวางพระประสงค์ของพระอนุชาได้ ฉะนั้น เพื่อเป็นการหลีกเลี่ยงมิให้จักรวรรดิออสเตรียเข้าไปยุ่งเกี่ยวกับปัญหาของเม็กซิโก ทั้งยังเป็นการป้องกันมิให้ออสเตรียและเม็กซิโกที่อาจจะมีประมุขร่วมกันในอนาคต ซึ่งอาจก่อให้เกิดปัญหาและสงครามระหว่างประเทศ ดังเช่น สงครามการสืบราชบัลลังก์ต่าง ๆ ที่เกิดขึ้นในอดีต อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนจึงจำเป็นต้องสละสิทธิการสืบราชสันตติวงศ์ของจักรวรรดิออสเตรียซึ่งในขณะนั้นพระองค์ทรงอยู่ในลำดับที่ ๒ รองจากมกุฎราชกุมารอาร์ชดุ๊กรูดอล์ฟ (Archduke Rudolf)^๑ พระราชโอรสพระองค์เดียวในจักรพรรดิฟรานซิส โจเซฟ และทรงตอบรับข้อเสนอของเม็กซิโกอย่างเป็นทางการในวันที่ ๑๐ เมษายน ค.ศ. ๑๘๖๒ อีก ๔ วันต่อมาก็เสด็จลงเรือพระที่นั่งโนวารา (Novara) เพื่อเดินทางไปยังเม็กซิโก
     อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนและพระชายาเสด็จถึงเม็กซิโกเมื่อวันที่ ๒๘ พฤษภาคม ค.ศ. ๑๘๖๔ และต้องทรงประหลาดพระทัยกับท่าทีและการต้อนรับที่เย็นชาของเจ้าหน้าที่บ้านเมืองจำนวนไม่น้อย อีกทั้งประเทศก็ยังตกอยู่ในภาวะสงครามการเมือง ฝรั่งเศสสามารถ ควบคุมสถานการณ์ภายในได้เพียงระดับหนึ่งเท่านั้นพื้นที่จำนวนไม่น้อยยังคงอยู่ในการยึดครองของพวกเสรีนิยมและพวกสาธารณรัฐนิยม โดยมีประธานาธิบดีคัวเรซเป็นผู้นำ อย่างไรก็ดี อีก ๒ สัปดาห์ต่อมาคือในวันที่ ๑๐ มิถุนายน อาร์ชดุ๊กแมกซีมีเลียนและเจ้าหญิงการ์ลอตตาก็ทรงประกอบพระราชพิธีบรมราชาภิเษกขึ้นเป็น "จักรพรรดิและจักรพรรดินีแห่งจักรวรรดิเม็กซิโก" ณ มหาวิหารแห่งเม็กซิโก (Cathedral of Mexico) โดยจักรพรรดิแมกซีมีเลียนทรงมีพระทัยมุ่งมั่นที่จะปกครองเม็กซิโกด้วยขันติธรรม ส่งเสริมอุดมการณ์เสรีนิยม ดำเนินนโยบายการปกครองเพื่อผลประโยชน์สูงสุดของคนทั้งชาติ และเป็นศูนย์รวมจิตใจของประชาชน
     อย่างไรก็ดี แม้จะมีพระทัยปรารถนาดีดังกล่าวแต่จักรพรรดิแมกซีมีเลียนก็ทรงขาดความเข้าใจสถานการณ์ที่แท้จริงที่กำลังดำเนินอยู่ในเม็กซิโกขณะนั้น การดำเนินนโยบายเสรีนิยมของพระองค์โดยสนับสนุนกฎหมายปฏิรูปของคัวเรซที่ให้ยึดทรัพย์สินของวัดเป็นสมบัติของแผ่นดิน ให้เสรีภาพในการนับถือศาสนาขยายสิทธิการเลือกตั้งแก่ชนชั้นต่าง ๆ ที่ไม่ใช่เฉพาะแต่เจ้าที่ดินเท่านั้น ตลอดจนการจัดการจดทะเบียนสมรสที่อำเภอ และอื่น ๆ ได้สร้างความไม่พอใจอย่างมากให้แก่พวกพระหัวรุนแรงและพวกอนุรักษนิยมที่ต้องการให้ยกเลิกกฎหมายดังกล่าว ส่วนพวกเสรีนิยมและพวกสาธารณรัฐนิยมโดยทั่วไปนั้น จักรพรรดิแมกซีมีเลียนทรงเป็นคนต่างชาติที่ไม่พึงปรารถนา และการสถาปนาจักรวรรดิเม็กซิโกก็ขัดกับอุดมการณ์ทางการเมืองและระบอบการปกครองแบบสาธารณรัฐนิยมที่ เป็นเป้าหมายของพวกเขา
     ขณะเดียวกัน ในต้น ค.ศ. ๑๘๖๕ เหตุการณ์สงครามกลางเมืองอเมริกันก็เริ่มคลี่คลายและยุติลงในเดือนเมษายน สหรัฐอเมริกาซึ่งได้ปฏิเสธการรับรองจักรวรรดิเม็กซิโกก็นำนโยบายการต่างประเทศตามหลักการมอนโร (Monroe Doctrine) ที่ห้ามนานาประเทศในภาคพื้นทวีปอื่นแผ่อำนาจและอิทธิพลตลอดจนการเข้าแทรกแซงกิจการภายในของประเทศในทวีปอเมริกามาใช้อย่างเข้มงวด และยื่นคำขาดให้ฝรั่งเศสถอนกำลังออกจากเม็กซิโก นอกจากนี้ สหรัฐอเมริกายังให้ความช่วยเหลือด้านอาวุธยุทโธปกรณ์อย่างลับ ๆ แก่คัวเรซและพวกสาธารณรัฐนิยมในการสู้รบกับฝรั่งเศสอีกด้วย การต่อต้านของสหรัฐอเมริกาดังกล่าวจึงทำให้ความหวังของจักรพรรดิแมกซีมีเลียนที่จะพื้นฟูฐานะทางการเงินโดยการกระตุ้นให้ชาวอเมริกันมาลงทุนในเม็กซิโกจึงเป็นอันยุติลง ประเทศจึงตกอยู่ในภาวะล้มละลาย
     สถานการณ์ภายในได้เลวร้ายลงไปอีกเมื่อฝรั่งเศสกดดันให้จักรพรรดิแมกซีมีเลียนโต้ตอบฝ่ายตรงข้ามด้วยการออกพระราชกฤษฎีกาฉบับวันที่ ๒ ตุลาคม ค.ศ. ๑๘๖๕ กล่าวหาพวกคัวริสตา (Juáristas) หรือพวกสาธารณรัฐนิยมว่าเป็นกลุ่มโจรและให้ลงโทษ ได้ด้วยการยิงทิ้ง พระราชกฤษฎีกาดังกล่าวนี้จึงทำให้ความบาดหมางระหว่างฝ่ายต่อต้านกับทางการขยายตัวยิ่งขึ้นจนยากแก่การประสาน กอปรกับท่าทีที่ก้าวร้าวของรัฐบาลสหรัฐอเมริกา ดังนั้นในวันที่ ๑๘ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๘๖๐ จักรพรรดินโปเลียนที่ ๓ จึงทรงยินยอมตกลงที่จะยุติการสร้างจักรวรรดิคาทอลิก (Catholic Empire) ขึ้นในทวีปอเมริกาและสัญญาที่จะถอนกองกำลังฝรั่งเศสออกจากเม็กซิโกภายในเวลา ๑๘ เดือน
     ท่าทีของฝรั่งเศสดังกล่าวจึงทำให้จักรพรรดินีการ์ลอตตาซึ่งทรงพยายามจะช่วยเหลือพระราชสวามีให้พ้นภัยและดำรงจักรวรรดิเม็กซิโกต่อไปต้องเสด็จกลับทวีปยุโรปและเข้าเฝ้าจักรพรรดินโปเลียนที่ ๓ ณ ราชสำนักฝรั่งเศสและสันตะปาปาไพอัสที่ ๙ (Pius IX ค.ศ. ๑๘๔๖-๑๘๗๘) แห่งกรุงโรมในเดือนสิงหาคมและเดือนกันยายน ค.ศ. ๑๘๖๖ ตามลำดับ เพื่อทรงทัดทานที่ฝรั่งเศสจะถอนกองกำลังออกจากเม็กซิโกและความสนับสนุนจากสันตะปาปา แต่ไม่ประสบความสำเร็จทั้งคู่ความผิดหวังดังกล่าวทำให้พระอารมณ์แปรปรวนจนควบคุมไม่ได้และเสียพระสติในที่สุด อีกทั้งไม่มีโอกาสที่จะเสด็จกลับไปอยู่เคียงข้างพระราชสวามีในเม็กซิโกได้อีกต่อไป
     ขณะที่ฝรั่งเศสกำลังเตรียมการเพื่อถอนทัพออกจากเม็กซิโกนั้น จักรพรรดิแมกซีมีเลียนทรงตัดสินพระทัยที่จะเสด็จตามไปด้วย ในเดือนตุลาคม ค.ศ. ๑๘๖๖ ทรงร่างพระราชโองการการสละราชสมบัติ อีกทั้งยังทรงมีพระบัญชาให้ส่งของใช้ส่วนพระองค์ไปยังเมืองท่าเวรากรูซเพื่อลำเลียงลงเรือต่อไปยังออสเตรีย อย่างไรก็ดี ต่อมาจักรพรรดิแมกซีมีเลียนทรงเปลี่ยนพระทัยตามคำชักจูงของผู้ใกล้ชิดและเข้าบัญชาการกองทหารเม็กซิโกจำนวน ๑๕,๐๐๐-๒๐,๐๐๐ คนเพื่อต่อสู้กับพวกสาธารณรัฐนิยมต่อไป "กองทหารแห่งชาติ" ที่จงรักภักดีต่อพระองค์ดังกล่าวได้ไปตั้งมั่นที่เมืองเกเรตาโร (Queretaro) ประมาณ ๑๖๐ กิโลเมตร ทางตอนเหนือของกรุงเม็กซิโกซิตีซึ่งถูกพวกสาธารณรัฐนิยมยึดได้ แต่ต่อมาก็ได้ตกอยู่ในวงล้อมของกองกำลังศัตรู
     ในคืนวันที่ ๑๔ พฤษภาคม ค.ศ. ๑๘๖๗ จักรพรรดิแมกซีมีเลียนได้ถูกพวกสาธารณรัฐนิยมเข้าจู่โจมจับกุม โดยมีพันเอก มีเกล โลเปซ (Miguel López) นายทหารคนสนิทที่ เปลี่ยนใจไปเข้าร่วมกับพวกสาธารณรัฐนิยมเป็นผู้ร่วมวางแผน นับเป็นการสิ้นสุดของสงครามกลางเมืองเม็กซิโก พระองค์ทรงถูกนำตัวไปจองจำเช่นนักโทษและได้เสวยแต่ขนมปังและน้ำเท่านั้นบรรดาราชสำนักต่าง ๆ กว่าครึ่งของยุโรป รวมทั้งบุคคลที่มีชื่อเสียง เช่น วิกเตอร์ อูโก (Victor Hugo) นักเขียนแนวสัจนิยม (realism) ที่มีชื่อเสียงชาวฝรั่งเศสและจูเซปเป การีบัลดี (Giuseppe Garibaldi)* วีรบุรุษของนักชาตินิยมและนักเสรีนิยมชาวอิตาลีที่คัวเรซชื่นชมต่างพากันเห็นใจจักรพรรดิแมกซีมีเลียนและส่งสาส์นและจดหมายเพื่อขอให้ยับยั้งการลงโทษพระองค์ อัครราชทูตออสเตรียประจำกรุงเม็กซิโกซิตีก็พยายามติดสินบนอย่างไม่จำกัดจำนวนเงินแก่พวกสาธารณรัฐนิยมเพื่อให้ปลดปล่อยพระองค์เป็นอิสระ แต่คัวเรซซึ่งต้องการใช้จักรพรรดิแมกซีมีเลียนเป็นเหยื่อเพื่อสอนบทเรียนให้แก่นานาประเทศที่อาจจะเข้าแทรกแซงกิจการภายในของเม็กซิโกอีกได้ปฏิเสธข้อเสนอต่าง ๆ อย่างสิ้นเชิง
     จักรพรรดิแมกซีมีเลียนทรงถูกศาลทหารตัดสินประหารชีวิตด้วยการยิงเป้าพร้อมกับนายทหารคนสนิทอีก ๒ นายในเช้าตรู่ของวันที่ ๑๙ มิถุนายน ค.ศ. ๑๘๖๗ ณ บริเวณเซร์โรเดลัสกัมปานัส (Cerro de las Campanas) หรือเนินเขาแห่งระฆัง ดังนั้นมงกุฎแห่งจักรวรรดิเม็กซิโกจึงเป็นเพียงมงกุฎหนามที่ก่อให้เกิดความหายนะแก่พระองค์และพระมเหสี จักรพรรดิแมกซีมีเลียนสวรรคตอย่างเอน็จอนาจขณะมีพระชนมายุ ๓๕ พรรษา ต่อมาในต้น ค.ศ. ๑๘๖๘ คัวเรซซึ่งถูกแรงกดดันจากนานาประเทศก็ยินยอมอนุญาตให้เคลื่อนพระศพออกจากเม็กซิโกได้ พระศพถูกนำกลับยังดินแดนปิตุภูมิในเรือพระที่นั่งโนวาราลำเดียวกับที่พาเสด็จไปเม็กซิโก และได้รับการบรรจุ ณ สุสานหลวงของราชวงศ์ฮับส์บูร์กในกรุงเวียนนา ส่วนจักรพรรดินีการ์ลอตตาพระมเหสีมิได้ทรงหายจากพระอาการประชวรทางจิต แต่ก็ทรงมีพระชนมายุยืนยาวไปอีก ๖๐ ปี และสวรรคต ณ พระตำหนักบูชู (Château de Bouchout) ในเมืองเมิร์ส (Merse) ราชอาณาจักรเบลเยียม เมื่อวันที่ ๑๖ มกราคม ค.ศ. ๑๙๒๗ สิริพระชนมายุ ๘๗ พรรษา.